扫平外戚势力之后，汉和帝刘肇终于得以临朝亲政。首先，就对这次平叛事件的诸多臣属论功行赏。特别是郑众和刘庆，通过此次事件，甚得刘肇的信任。刘肇向刘庆赏赐了大量钱粮，恩宠之深厚，一时没有第二个皇亲国戚可以与之相提并论。而郑众则是刘肇赏赐最为丰厚的另一个人。郑众前半生多郁郁不得志，经过这次平叛，助皇帝夺回大权，自然能够平步青云。于是，郑众被任命为大长秋。大长秋一职，乍看之下名不见经传，细细思量，才知道这一官职是则是皇帝近侍官首领，非皇帝亲信不得充任，主要负责宣达旨意，管理宫中事务。
刚开始之时，皇帝刘肇还对宦官掌权有所顾忌，历朝以来，宦官掌权，江山必乱。因此，并没有给予郑众参与军政大事的权力。郑众也对自己的处境很了解，因此，每次皇帝赏赐，他都推脱不要。其仁爱谦逊的态度便逐渐受到皇帝刘肇的喜爱和尊重，进而在遇到国家大事难以解决，而朝中重臣相继死去的情况下，诏令郑众与之商议。至此，宦官之权柄得以扩大，并渗透到国家的大政方针之中。
恰如史书所言：“宦官用权自此始矣！”
在封赏功臣的同时，刘肇也开始大力革新国家政策，逐渐实践着自己的政治抱负。永元四年（公元92年）十二月壬辰，刘肇刚一上任就颁布诏令减土地税。后来，他又多次下诏，劝农权耕。
透过这一举动，刘肇勤政爱民的形象便被人民广为传诵。但是，皇帝刘肇毕竟个人精力有限。自己所依靠的几个重臣相继过世，永元五年（公元93年）春正月，千乘王刘伉死去；永元五年正月，广宗王刘万岁死去；二月甲寅日，太傅邓彪死去；永元五年十月，太尉尹睦死去。
此前的永元四年（公元92年），司徒袁安、司空任隗二位国之栋梁也相继去世，此后不久，司徒丁鸿、城阳王刘淑、乐成王刘党、陈敬王刘羡等人也相继西去。一时之间，朝堂可用之人变得越来越少。为了解决这一问题，永元五年三月，刘肇特别颁布了一纸诏令，责令选贤任能。
可以看出，和帝刘肇实在不失为一个年轻有为的英明圣主。他在平定窦氏乱朝之后，积极支持班超在西域的斗争，不久，班超大破焉耆，西域降附者五十余国。同时派遣著名将领乌桓校尉任尚领兵东北，大破南单于，收复辽东。
在他在小的时候，便深谙为政之要，对于百姓怀有一颗怜悯之心。时常下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时，同时，和其父亲刘炟一样，以宽和的态度对待犯罪。即使他知道窦太后的所作所为，并能够无所顾忌地惩处她时，刘肇也没有采取行动，而是让窦太后恩宠不减，直到她死后，依然力排众议，以“恩不忍离、义不容亏”为由，将窦太后谥为章德皇后。同时对于梁贵人、宋贵人的问题也都妥善安置。其母梁贵人被追封皇太后。此外，和帝还一直坚持以民为本、任人唯贤、注重道德教化左右，使得汉朝在他的治理下，整个国家与他的谥号“和”帝暗合，一时之间，大汉朝四海升平、海晏河清。
阴孝和与邓绥的后宫斗争
尽管和帝刘肇尽心竭力地想将国家治理好，重振刘氏伟业，但是东汉王朝的命运似乎冥冥中自由天定，逐渐走向了黑暗的深渊。
首先，是宦官的崛起。
皇帝跟外戚斗争，必须获得别人的支持。而皇帝长于深宫，无法与外边互通消息，于是宦官就成了皇帝的倚靠和助力。东汉政权的第四任皇帝刘肇最先向外戚发动攻击。在他与宦官郑众的逼迫下，外戚窦宪自杀。但是，窦氏衰落之后，郑众凭借功劳，其威势不减反增。于是自郑众开始，宦官的权力越来越大。
其次，则是班超经营多年的西域的丧失。
早在刘庄在位之时，班超便投笔从戎，跟随当时的大将军耿恭南征北战，最终靠着自己的三寸不烂之舌，带着三十六个随从，征服了西域各国。后来刘炟继位，改变国策，欲将班超调回洛阳，放弃西域，终在班超的竭诚努力之下，刘炟答应了他继续经营西域的请求。
经过多次战争，班超这位西域都护在事实上掌控了西域各国。到元和四年（公元87年），曾经帮助汉朝进攻车师的大月氏来到班超驻地，请求与汉朝给为秦晋之好。班超见汉朝此时正是国家蒙难之时，不宜与以边陲小国结亲，便拒绝了大月氏的请求。
永元二年（公元90年），心怀怨恨的大月氏便率领七万军队东越葱岭，攻打班超。多日攻取不得，大月氏只好去龟兹求救，半路遭到班超数百军士的埋伏，求救使者也命丧黄泉。大月氏首领随即向班超请罪，班超并没有追究他们的过错，便让他们得以重返故土，大月氏大惊之下，与汉朝和好如初，消息传来，窦氏兄妹也感到很高兴。
不久，龟兹、姑墨、温宿等国相继归附。又过了些时日，西域五十多个国家都归附了汉王朝，班超终于实现了立功异域的理想。
然而好景不长，毕竟西域各国之所以臣服汉朝，主要有三个方面的原因，一是汉朝政治清明、经济良好、军事强大；二是北方强大的匈奴政权的土崩瓦解和臣服，使得汉朝在西域地区没有了竞争对手；三则是出于对班超个人魅力的敬服，班超经过几十年来的经营，在西域的势力已经根深蒂固。无论是他的军事能力还是外交能力，都得到了西域诸国的敬服。
可以说，这三个方面缺一不可，直到刘肇未年，东汉国力下降，班超也退休回到洛阳。将领任尚接替了班超西域都护的位置，可惜任尚之为人勇武有余、谋略不足，在他和班超交接官印之时，班超就对任尚说：“塞外的情形可谓是鱼龙混杂，而你的性情太过严正。俗话说：太清澈的水没有大鱼，太严格的要求失去团结。我的意思是，你只需总揽大纲，不要挑剔小节，对他们的小过错更应该尽力宽恕。”
然而，任尚对其言语不置可否，在其掌权其间，一改班超在西域的成功施政方针，其在任的四年时间，任尚就激起西域所有国家的叛变。至此，西域各国再也难以恢复到班超在位之时的状态。兼且汉朝一代不如一代，国家内部纷争不断，无暇他顾，最终导致了汉朝掌控西域权力的彻底丧失。
最后，刘肇则是在后宫皇后大位的变迁中，使得国家变乱，外戚政治又一次登上中国的政治舞台。
皇帝刘肇本来设立了一个皇后叫小阴氏，但是后来却改立了邓绥为后。这又是为何呢？
其实论起才情相貌，小阴氏都远远比不上邓绥，邓绥六岁就通读史书，十二岁精通《诗经》《论语》，每次与其兄长对答之时，号称饱学之士的兄长们也常常只能甘拜下风。因为邓绥聪慧好学，才华超群，故而家人都称她为“诸生”。父亲邓训更是对女儿异于其他女子的言谈举止暗暗称奇，认为她将是儿女中最有前途的，事无巨细都与这个小女孩商量后再行。本来，邓绥是能够和小阴氏一起入宫的，那样小阴氏也就不会先自己而被册立为后了。然而，就在自己即将入宫的前夕，邓绥的父亲邓训却离开了人世，为了守孝尽丧，邓绥只得在三年之后才得以入宫。
三年艰苦的守孝生活结束，邓绥已然变得形容枯槁，虽然此次又一轮选妃入宫开始了，邓绥因为三年前就被选取，这次去宫内也必定是水到渠成的事情。然后在入宫的前三天夜晚，她却做了一个奇怪的梦：邓绥梦见自己以手抚天，还抬头饮用青天上的钟乳。
第二天，邓绥将这个梦告诉了自己的家人，其家人便找来善于占卜之人为她解梦。占卜者听后大惊失色、遂肃然起敬地说道：“过去帝尧曾经梦见自己攀天而上，商汤也梦见登天而食，这都是千古帝王的先例。如今你家姑娘也做这样的梦，她的前途大吉大利难以言传。”
后邓家人又请来相士，相士一见邓绥，当即恭敬的说道：“小姐不同凡响，必走成汤之路！”
邓氏族人一听，当然高兴不已，遂命人严守这个秘密。
可惜，在邓绥入宫之前的永元八年（公元96年），小阴氏阴孝和就已然做了皇后。因此，邓绥本应该一片坦途的后宫之路就这样布满荆棘。邓绥一入宫，其绝世的容颜便倾倒了众人，更别说年方十八、正值年少轻狂的汉和帝刘肇了。刘肇一眼就看中了邓绥，此后便甚得宠幸，次年便被封为地位仅次于皇后的贵人。这年，她才十六岁。
随着邓绥受到的恩宠日益厚重，深宫后院之内无一人可以与之相提并论，邓绥也深刻地感受到自己所面临的危机。
俗话说得好，木秀于林、风必摧之。和帝刘肇如此地宠幸邓绥，当然会让阴孝和觉得自己的地位正在被动摇。因此，每次邓绥都会相让于皇后，恭肃小心，动有法度。因为她清楚地知道，一旦自己有半点争宠之心，皇后发现，自己会招来杀身大祸，皇上知道，也必定会对自己不那么宠幸。恰在当时，邓绥和阴孝和都没有子嗣，邓绥见此，忙向皇帝推荐别人，以便让皇帝能够早生龙子，承继大业。皇帝刘肇见邓绥如此为汉室着想，不禁对她格外高看。
有一次，邓绥染病，刘肇还特别恩准邓氏家人可不限人数地出入皇宫，探望邓绥。这在当时可是莫大的恩典，然而邓绥却说道：“宫禁至重，乃天子所居。若使妾外家久在内省，有违圣制，不合礼法。此虽是皇上殊恩，但这样一来，上使陛下有亲幸私家之讥，下使贱妾遭不知足之谤。上下交损，得不偿失，实在不想搞到这种地步。陛下不弃贱妾陋质，妾纵死亦感泣于九泉之下。”
皇帝闻言，愈加喜欢这个邓绥。随着邓绥德名日盛、声誉日隆，皇后阴孝和也日益感到自己再不出手，怕是这皇后大位也要拱手让人了。百般无奈之下，阴孝和决定，以巫蛊妖法去诅咒邓绥，这当然没有什么效果。可到了永元十三年（公元101年）夏，阴孝和见和帝病危，便想趁机向邓绥暗下毒手。幸好邓绥在宫中颇有人缘，连皇后身边的小太监也感到阴氏过于阴毒，于是便悄悄地将这个消息传到了邓绥的耳中，邓绥听闻，吃惊不已，再看皇帝，已经病入膏肓、命如游丝，此番皇上如有不测，自己难免会遭受杀身灭族之祸，皇后独掌大权，难免会重蹈窦氏兄妹之乱。
一念及此，邓绥顿时冷汗如雨，扬言要自杀以报皇恩。邓绥此举，可谓高明之至，一旦皇宫有变，自己自杀之举兴许会换来百官的同情，可免遭祸患。如果皇上病好，则自己就可以获得一个好名声，贤德之名更加远扬。当然，邓绥最终没有自杀，皇帝刘肇也病好如初。
和帝病好之后，得知邓绥被逼得险些自杀，心中不免对阴孝和之狠毒不满。皇后身边之人也对阴孝和很不满，不久，皇后行巫蛊之术的事情便传到了皇上的耳中，这在当时可是了不得的大事，前朝旧历，多少人因这巫蛊之祸魂断九泉。皇上闻言，心下大怒，急忙命人彻查此事。
永元十四年（公元102年）夏天，皇后因行巫蛊之事证据确凿，便遭到废黜。阴孝和被废后迁于桐宫，最终忧惧而死。阴孝和到死也不明白，自己只是试着施行巫蛊之术，却并没有取得任何的效果，何以会招致如此大祸。其实，这一切都是在潜移默化中造成的结果。自邓绥入宫，得到皇帝宠幸，再到邓绥和阴氏两个人的所作所为的强烈对比，刘肇要废黜阴孝和的心早就暗自增长。说起来，阴皇后还是光武帝皇后阴丽华之兄阴识的曾孙女，与刘肇大有渊源。她与邓绥也是姑表亲戚，且低邓绥一辈。刘肇一向以仁治国，此番却犯了东汉一干皇帝的大忌。
树倒猢狲散，在皇帝下令彻查此事之后，阴氏族人阴轶、阴辅、阴敞都被打入天牢，其中会不会有屈打成招之事就不得而知了。事发之后，阴孝和的父亲阴纲服毒自尽，其族人被刘肇全部流放到南方遥远的蛮荒之地日南郡。
自此，这个事件才全部结束。其实从后来邓绥所展现的才智手段来说，这件事情也有可能是她策划的，而且因为邓绥并没有和窦氏兄妹一样，中途被诛。因此，史书也就可能对其有所删改，而且这一期间邓绥的作为史书记述的很少，功过只能让后来者去发现了。
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